1. Остановите сервер.
2. ВАЖНО! Чтобы избежать возможных ошибок нужно почистить сервер от старой сборки, сделать это можно через "Файловый менеджер" в панели управления.
Для этого выделите все папки и файлы, далее нажмите "Удалить".
3. Чтобы подключиться к FTP серверу, в панели управления нажмите на кнопку "Данные для подключения к ФТП".
В появившемся окне будут указаны данные для подключения.
Введите полученные данные в специальном поле клиента FileZilla или SmartFTP
Более детально по ссылке.
4. После того как подключились к ФТП, загрузите нужное ядро на сервер (ядро можно взять с сайта https://getbukkit.org/download/spigot)
ОБРАТИТЕ ВНИМАНИЕ! Некоторым ядрам для работы нужны библиотеки, обычно они идут вместе с ядром (к примеру папка libraries). Папку загрузить нужно в корневой каталог.
5. Возвращаемся в панель управления на страницу сервера и нажимаем на кнопку "Редактор командной строки".
Далее выбираем нужную версию Java и жмем "Применить", новые версии с 1.17 до актуальной версии работают на Java 17.
До 1.16.5 работают на Java до Java 11.
Из списка выбираем загруженное ядро.
Применяем.
6. Запускаем сервер.